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过氧化物酶体中含有40多种酶，每个过氧化物酶体中所含氧化酶种类和比例不同，但是过氧化氢酶则存在于所有细胞的过氧化物酶体中，约占过氧化物酶体酶总量的40%，所以过氧化氢酶是过氧化物酶体的标志酶。各种过氧化物酶体的功能有所不同，但氧化多种底物、催化过氧化氢生成并使其分解的功能是共同的，在氧化底物的过程中，氧化酶能使氧还原成为过氧化物，过氧化氢酶能把过氧化氢还原成水，所以过氧化物酶体在肝、肾细胞内主要功能，是防止产生过量的过氧化氢，以免引起细胞中毒，对细胞起保护作用。
过氧化氢酶颜色为白色至浅棕色粉末，分子量约为240KDa，等电点为5.2，α-螺旋结构,溶于水，几乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有机溶剂。该酶是铁卟呤酶，一个分子中含有4 个铁原子，其作用基团是血红素。
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