大多数脱氢酶的天然受体是NAD+或NADP+〔以下用NAD（P）+表示〕，例如苹果酸脱氢酶，异柠檬酸脱氢酶等 。脱氢酶的底物经这类脱氢酶的催化使NAD（P）+还原生成NAD（P）H。另一些脱氢酶以黄素为辅基，辅基在催化反应中进行氧化还原。例如琥珀酸脱氢酶，还原型烟酰胺腺嘌岭二核苷酸（NADH）脱氢酶，胆碱脱氢酶等。NADH以及一些直接以黄素为辅基的脱氢酶的底物通过脱氢酶的催化z后通过细胞色素系统而被氧氧化，此时释放出的能量供机体需要。它们与细胞色素系统电子传递链的连接大体上可以用简单的来表示。